Прошёл год со дня победы над Золотой Галаксией. Иннеры спокойно учатся в колледже, Старлайты восстанавливают планету КинМоку после полной разрухи. Счастливая Усаги ждёт, когда Мамору сделает ей предложение.
Однако однажды, когда сумерки опустились на Токио, внутри сэнши словно что-то взорвалось. Казалось, сердца их, наполнившиеся нестерпимой болью, сейчас разорвутся на куски.
Неожиданная вспышка угасла столь же стремительно, как и появилась. Воины лежали в своих постелях, не веря, что произошедшее с ними всего лишь ночной кошмар. И не зря - в доме Харуки и Мичиру появляется до того пропавшая неизвестно куда Сецуна. Она сообщает аутерам, что Врата Времени закрылись. Просто взяли и захлопнулись сами собой, словно некая могучая сила решила отрезать это время от прошлого и будущего. Аутеры решают не нарушать идиллию иннеров, только-только обретших счастье в мире и покое, и разобраться со всем сами. Они направляются к Разлому - огромной трещине в земле, образовавшейся в момент закрытия Врат в одном из многочисленных парков Токио, которая источает очень странную энергию. По словам Плутона, именно эту энергию она почувствовала, когда покидала Врата. Однако предпринять что-либо аутеры не успели - могучий ветер сшиб их с ног и девушек, словно магнитом, поволокло к разлому.
Обеспокоенная Хотару, решившая проследить за тихо улизнувшими из дома "мамами", воочию увидела, что стряслось с сэнши. Пока она перевоплощалась, разлом затянул в нутро аутеров - Урануса, Нептун и Плутон. Как бы Хотару не кричала, стоя на краю трещины, никто ей не отзывался.
Тогда Сатурн решила, что единственная, кто может помочь её друзьям - это Вечная Сейлор Мун, и девочка бросается к Усаги. Теперь иннерам нужно найти выход из ситуации, наведаться к разлому и придумать способ вытащить оттуда пропавших аутеров.
Однако, всё не так просто: в городе объявились существа, питающиеся энергией живых людей. Одно из них - это Мистресс. Последнее, что она помнит - это свою гибель и таинственный голос, шептавший ей: "хочешь жить - возвращайся в Реальность". Мистресс чувствует себя отвратительно, и чтобы избавиться от слабости, она выпивает жизненную энергию людей.
Тем временем, к принцессе Метеор является Галаксия. Золотая воительница, возвращаясь на Землю, почувствовала выброс мощнейшей мёртвой энергии, совершенно отличной от энергии Хаоса, и вернулась на КинМоку за помощью. Старлайты не верят Галаксии, однако принцесса Оливия соглашается проследовать на Землю - в её сердце родилась тревога за друзей, протянувших им в трудную минуту рук помощи.
А Харука, Мичиру и Сецуна очнулись... В Токио. Те же здания, улицы... За одним лишь исключением - они абсолютно пустынны и выглядят обветшалыми. В городе царят полумрак и звенящая тишина, и полностью бездействует сила сэнши. Блуждая по туманному и заброшенному Токио, аутеры сталкиваются с доселе незнакомыми им лордами. Те не помнят, как здесь оказались - они лишь помнят тихий шепчущий голос, однако не помнят произнесённых им слов. Лорды рассказывают, что видели на улицах чьи-то тени, однако тени эти не откликнулись на зов и попросту исчезли.
Между тем, старлайты с принцессой и Галаксией движутся в Земле, однако неожиданная вспышка боли в сердце разрушает их заклинания телепортации, и они без сознания падают на планету. Где очнётся каждый из них - в реальности, или в призрачном городе?
Где оказались аутеры? Что это за таинственный Город Теней, Город Призраков, как они окрестили его про себя? Почему в нём оказались погибшие несколько лет назад лорды? Что в реальном Токио делает Мистресс? Можно ли доверять Галаксии, или она идёт на поводу у таинственного голоса, который тоже слышит? Как проникнуть в этот потусторонний Токио и как из него выбраться?

Подробности:
1. Аутеры (Кроме Хотару) начинают игру в Призрачном Токио, Лорды тоже, Иннеры в Токио реальном, а Старлайты, Галаксия и принцесса Оливия могут выбрать сами, где начать.
2. Некоторые персонажи, а именно: Чиби-Чиби, Курай (возможно, список пополнится) не принимаются, так как они не вписываются в концепцию игры.